Cuba envió personal médico en la década de los 90, particularmente tras la erupción volcánica de 1992, para atender a los afectados. Posteriormente, tras el Huracán Mitch (1998), Cuba movilizó seis brigadas médicas a solicitud de las autoridades nicaragüenses, con el objetivo de combatir epidemias. Este despliegue incluyó especialistas en medicina general, epidemiólogos y enfermeras.

Tales esfuerzos fueron el catalizador para que Cuba ofreciera un Programa Integral de Salud y fundara, en 1999, la Escuela Latinoamericana de Medicina (ELAM), destinada a formar médicos de toda la región.

En 2010, especialistas cubanos, tal como ocurrió en otros países de la región y en el contexto del ALBA, realizaron el estudio a personas con discapacidad, que llegó a cada rincón del país a través de la Misión "Todos con voz".

A solicitud del gobierno nicaragüense, Cuba envió una brigada del Contingente Henry Reeve durante la COVID‑19.

La cooperación médica cubana en Nicaragua es un pilar histórico de las relaciones entre ambos países.